明朝嘉靖年间，倭寇年年侵犯我东南沿海边境，烧杀抢掠，无恶不作，兵部二品侍郎朱纨（刘永 饰）奉旨领命前浙江平倭，并委派内务府总管太监王顺随行监督。不想，就在朱纨赴任途中，就遭倭人埋伏，幸得定海镇台周将军（杨子 饰）率兵相救才得以平安上任。时过不久，周将军在护送畲寨土司进贡的千年灵芝时，再遭倭人伏击，恰遇盐贩曹顶（吴奇隆 饰）出手相救，才使得逃过一劫，朱纨得知后便决意将曹顶收入军中，联合抗倭。在曹顶为将之后与倭寇厮杀时，结识了女扮男装的畲寨郡主阿珠（黄奕 饰）。原来土司伤重不治，临终前吩咐阿珠助曹顶共同抗倭。

该剧讲述了一个中共地下党员和一个国民党情报人员之间长达7年的“无间道”式故事。许少清和刘永强是“三和无线电学校”同窗好友，分别服务于中共上海地下党和国民党军统局。他们各自表现出色，一次一次向组织提供了关键情报，为抗日战争的胜利立下功勋。解放战争来临，让许少清和刘永强彼此成为未知的对手。他们机智地化解了一次又一次针对自己严厉审查，绝处逢生！终于有一天，他们怀疑对方就是自己千方百计要为组织清除的卧底。针锋相对，错综复杂，设下一个又一个陷阱，试图让对方显形。辛晴是许少清的上线，也是他的爱人，可因为工作纪律的限制