在日本一条名为“霞之里”的宁静小村庄里，那里远离人烟，但却有一所女校在这里。原来这所学校叫“私立志能备学园”，是一所负责女忍者训练的精英学院，是全日本,甚至全世界唯一一所的女忍者训练学校。而其实在“霞之里”生活的居民中很多都是这所学校的毕业生，学院中的学生大多为被赋予高智商高天分的有极其优秀基因的试管婴儿，所以都拥有极其高的天分。事实上从这里毕业的忍者，进入社会后都会当上保护重要人物或替国家和机构进行各种调查和探取情报的间谍工作，可说是一种既刺激又好玩又有前途的职业。但此学校只是女忍学校，与霞之里的另一所

位于日本某处的偏僻乡村--霞高原町，通称“霞之里”。在这里有一所培养女忍者的养成学校“私立志能备学园”。r为了成为杰出女忍者的女孩们从全国聚集而来，每天都在这里进行着学习和训练，当然“霞之里”的人们都是这所学校的毕业生。r某天，在这个一成不变的村子里，有一个女孩和一个男性造访了这里。憧憬着女忍的生活，仰慕着“市川电蔵”老师。为了成为女忍而入学“私立志能备学园”来到这里的普通女孩日向葵。以及为了逃避债主而来到这里担当老师的万里小路隼人。他们两人的到来是必然还是偶然？充满欢笑，挫折，悲伤，成长的忍者物语开始了