冒险家本（尼古拉斯·凯奇 饰）这次要挑战更艰难的探险寻宝之旅。美国第16任总统亚伯拉罕· 林肯之死一直是美国历史上的一宗悬案，据调查，凶手约翰·沃克斯·布斯实际是受人唆使犯下惊天命案。本参加一次公开演讲，台下的一位叫米奇·威尔金森（艾德·哈里斯 饰）的男子宣称，本的祖父与林肯之死有千丝万缕的联系。于是本开始调查约翰·沃克斯·布斯相关的线索，发现一本叫“国家密宗”的书，是解答一切问题的关键。但国家密宗只有美国总统本人知道其所在，为了探寻真相，本不惜铤而走险，绑架总统。

西藏密宗分为黄教和黑教，黄教班禅转世投胎之后会成为灵童，而黑教班禅则转世成为天童。逆天童是黑教弟子，一心想要毁灭黄教一统密宗。他杀害了黄教的晓云大师，将他制成干尸送往布达拉宫示威。班禅和密月施法使晓云大师说出了事件的真相，知晓了黑教的阴谋。受班禅所托，密月出发寻找师兄赤飞，逆天童带着他的爪牙紧随其后。在此途中，密月邂逅了顽童和西藏女孩，几人结为好友，谁知道遭到了逆天童和其四大护法的攻击，密月身受重伤命不久矣。直到此时，他才知道，自己苦苦寻找的灵童，竟然就是眼前其貌不扬的顽童。