小方世玉为首的一群孩子在少林武院学习、成长；莫大将军为首的官府势力在崇阳镇屯兵敛财，拉拢江湖的邪僧欲潜入少林寺获取达摩碑而称霸武林。当江湖武林、现实社会的各方面势力爆发激烈冲突，无法回避地撞击到孩子们身上时，他们从懵懂无知，被动躲避，到看清真相，勇敢担当。经过磨难和努力，他们修得了功夫，历练了心智，获得了友谊，也承担了责任；在少林方丈的指引下，小伙伴们发现潜伏在少林寺的邪僧与朝廷将军勾结的证据，最后，他们齐心协力完成了一个难以完成的使命——保护了达摩碑，从而实现个人成长上的终极跨越。

百年前，多位法力神通的少林高僧合力将一位拥有无上功法的妖人封印。当这段历史即将被人遗忘时，少林迎来了一场灭顶之灾，巨大的破坏让封印有了一丝裂痕，这位不死的妖人将灵魂附身在了一位手无缚鸡之力的僧童身上……随着僧童逃跑，踏足武林，一场新的腥风血雨才刚刚开始……

明朝中叶，皇帝年幼继位，太监王其自封“立皇帝”权倾朝野，与倭寇勾结，妄图篡位，大明江山岌岌可危。忠良之后徐子豪是京都总兵徐超之子，也是皇帝的伴读。徐子豪贪玩，无意间撞到太监王其送“秘密计划”给倭寇的武林高手。徐子豪把这件事告诉了父亲徐超。朝堂之上，徐超向皇帝弹劾王其，反被王其陷害，徐家满门抄斩。徐子豪进入少林寺避难。

张正这名美籍华人被任命到中国大陆护送一件宝物运到美国。随后他来到了著名的少林寺等待消息。随和的他马上跟少林寺里一名七岁的小和尚清淳结下友谊之情。毕竟凡夫俗子与出家人的生活习惯存在很大的差异，就连文化差异上也存在很多的分歧。因此有很多事情，让身为客人的张正大感意外与不忿。后来张正才知道，那宝物是一个拥有特异功能的少女小菁。两人共同发现了一个大阴谋，却阻挡不了两人感情的增长。

故事发生在明朝末年，大将军戚继光和兵部尚书戚继宇联手组成戚家军，对倭寇迎头痛击。倭寇首领大岛正雄和朝中司礼大太监童大宝内外勾结，陷害戚继宇，导致戚家军解散，戚家遭到了满门抄斩，作为戚家唯一的后代，戚少正不得不踏上了逃亡的旅途。少林寺方丈至一将戚少正收为徒弟，童大宝得知了戚少正的下落，火烧少林，至一为了保护戚少正不幸身亡。之后，戚少正带着至一的血书前往南少林投奔圆照方丈，并先后结识了小妮、红莲和华子等人。血气方刚的一行年轻人，打算凭借他们自己的力量，重建戚家军。

本剧的导演袁祥仁是香港著名的"和平电影公司"的台柱子，他作为武术导演，指导过的电影《新龙门客栈》以及电视剧《水浒》、《太极宗师》等都在国内产生很大的影响。这次由他的"袁家班"来指导古装武打剧《南少林》，他独特的设计和精彩的绝活，势必回赢得广大观众欣赏和喜欢。雍正年间，闽粤地区形势动荡，"天鹰帮"敛巨资广纳武林人士，为朝廷一大腹患。南少林也被吸纳其中。雍正决定派他最得意的两位皇子--三阿哥弘时、四阿哥

清代末年，武风正盛，但他们却全然不知武学之道为何物。武当派的奇材白眉道人为了扬名立万，自创阴狠毒辣的武功，其掌门知道此事后，将他逐出武当。白眉在广州自立门户，开馆授徒，自创白眉派。 白眉前往少林挑战至善禅师，然至善对他的挑衅不理不睬，其师兄仰山不满白眉所为，私下应战，但却惨被打败，至善以他违反寺规为由将他逐出少林，白眉遂借此事羞辱少林。此时，少年武痴洪熙官孤身到少林寺找寻至善，拜师学艺，可惜被拒。然二人却由此而相识，至善听洪熙官之言下山，视察武林情况，二人开始踏足江湖。 一老一少南下投宿光孝寺，不少好武之

皇帝（吴大维 饰）封芊芊（张庭 饰）为皇后，用“重翟车”接她进宫，谁知道竟然遇上了刺客，所幸车中被乱刀砍死之人并非芊芊，而是一个无辜的小宫女。那边厢，芊芊居然不愿意进宫享受荣华富贵的生活，再加上她苦心经营的书院以倒闭告终，心灰意冷的芊芊决定出家。芊芊来到河南少林寺，却被住持告知女子不能当和尚，在少林寺大闹了一番后，芊芊遇见了古灵精怪的小和尚无忧（贾一平 饰），两人交谈甚欢，相见恨晚，无忧跟着芊芊下了山，同时带走了寺中的镇山之宝，一时之间，江湖众人蠢蠢欲动，将矛头指向了毫不知情的两人。与此同时，先前刺杀芊芊

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰 饰）是红花会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华 饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗 饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至菩禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会…

明朝末年，朝庭武备不修，官员庸碌无能，尤使西南部一带，马贼为患，奸淫掳掠，无恶不作，百姓日夕担惊受怕，生命财产不保，其中陈家村因连年丰收，百姓生活富庶因而惹来马贼围村，玄虚观师叔祖主持为免更多无辜生命受害，即派出其徒赵龙及其妻白银凤带领众同门前往歼灭马贼，经过日以继夜激战，终于将马贼全部消灭。但不幸在混战中白银凤中了马贼剑毒，以至产后毒发而死。赵龙自妻子死后，独自抚养其子赵骏，师叔祖发现其子体...