诺查丹玛斯预测到了“世界即将终结”的预言，她看到的未来日本一片废墟，意料之外的背叛、败北与绝望、无法逃脱的死亡、不期而然的别离，这一切都让她无法接受。另一方面，斑目向公众揭露了自己的新事业企划，露出了自己的真面目。他利用风水宝地召唤出怪物，甚至还操控住企图阻止他野心的莲和龙马。失去了自己同伴的莲，该如何阻止野心爆棚的斑目呢？

距欧拉贡消失已经过去了三个月，大家都回到了平常的生活中。某日，莲接到了玄马的电话，说在神之原东部出现了怪物反应，现在正在往中心部接近。玄马发现这只怪物的能量反应，与消失的欧拉贡十分相似。

本作将接续第一季的剧情，与握有钥匙的水泽葵，影月明，若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知......

《怪物弹珠 第二季 消逝的宇宙篇》当解开全部的风水宝地的封印之后，诺查丹玛斯立刻预知到了恐怖的未来。从她吐露的只言片语中，莲等人感到一丝不安。这期间，斑目社长向全世界发表了新计划。就在世界处于震惊之际，莲与龙马的面前强敌"伊甸"现身！而此时，冷眼旁观事态发展的弥勒所采取的行动是——