在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。

这是发生在一个虚构的城市里面的故事，在一个很平常的日子，直太与真见美在一起，突然出现一位行为怪异的女人-晴子。骑着电单车对直太撞个正着，在晴子的‘人工呼吸’下被救活的直太，紧接遭到吉他往头部个正着，这一下也打开了这故事的开端。在之后，直太的头部就不断出现一些怪东西，但也在晴子以及第一个从直太头部出来的电视机器人-健次 的攻击之下一一解决了。尤其是在紧急的时候，直太想起一想哥哥，自己或着健次头上出现的迷样符号，使其力量大增，突破困难。后来发现，原来晴子是为了拯救自己的对手兼喜欢的人-雅特 为目的来到此地，后

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。