岸边野裕里（松隆子）在姐姐远野未笑的葬礼上，遇到了姐姐的女儿远野鮎美（广濑铃）。无法接受母亲亡故的鮎美，也无法打开母亲留下的最后一封信。裕里参加了要和大家报告姐姐往生的同学会，巧的是，她的初恋对象镜史郎（福山雅治）也来了，两人在一封封书信的联系中串接起三人当年的故事。

故事发生在明朝时期，李时珍（赵丹 饰）因其高明的医术和高洁的品格而获得了百姓们的爱戴和认可。楚王邀请李时珍进宫给王子治病，令宫廷御医们手足无措的古怪病症在李时珍的手下化为乌有。李时珍获得了进入太医院深造的机会，可是他提出的唯一要求，就是请求楚王重修本草。李时珍无法忍受太医院里同僚们迂腐的作风，知道自己如果一直待在这里将永远无法实现心愿，于是他辞了官返回故里，决定依靠自己的双手修正本草。乡亲们得知了李时珍的志向，纷纷向其伸出了援手，李时珍以一己之身亲自验证了数百种草药的功效，《本草书》渐渐完善了起来。

明朝湖北蕲州，李月池、李时珍因医术高超而闻名遐迩。包乡绅用错误的《本草书》看病、卖假药，李时珍直言不讳地指出，得罪了他。李时珍治好了楚王的儿子，不要钱财官位，而是求楚王上奏皇上重修“本草”。进入太医院的李时珍因不满太医院的傲慢迂腐，辞职回乡决心自己修正“本草”。百姓得知此事，纷纷献出家藏秘方来支持他。李时珍为验证草药功效，与徒弟庞宪走遍四处寻觅，亲自采集草药，并得到当地药农的热心帮助。一次，李时珍等人遇到恶道刁难，珍贵的药物笔记被烧毁，追随他的郎中老魏也为抢救笔记不幸摔死。但李时珍没有放弃，又重新搜集草药

已出嫁的大女儿没法与丈夫相处，回到父亲的家寻找避难所；未出嫁的二女儿忽然怀了孩子，夜夜到夜店等候负心汉的出现。与父亲下属私奔多年的母亲，突然闯进两女儿的生活，可二女儿打掉孩子后，再没法承受残酷的现实……