阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意。

舞台：大阪&京都，正在录制"皐月杯"百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台突然发生爆炸，千钧一发之际，急忙赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人杀害，监控器里所显示出的是——红叶...原作中的重要角色，百人一首高中生冠军，自称"平次未婚妻"的大冈红叶，将首次在剧场版中登场，新一和小兰的关系也将发生变化....

雍正年间，一个风高月黑的夜晚，奸佞九门提督萨英率领百余清兵突然偷袭朱家庄，纵火破户，蜂拥而入。原来十多年前，忠良年羹尧冤遭萨英诬陷，饮恨而亡，临终将幼子托与部将朱问天抚养，取名朱海仇，及至年长。萨英为免除心腹之患，决计斩草除根，便发动了对朱家庄的洗劫。朱问天被突如其来的劫杀惊醒，仓促带领养子朱海仇、亲子朱汉良及众庄丁竭力拼杀，保护朱海仇突出重围，但朱问天身负重伤，其妻被擒，朱家庄化为一片废墟。惨无人道的萨英将朱问天妻子的头颅高高挑于城外，海仇、汉良兄弟看见，肝肠寸断，发誓一定要为母亲报仇，除掉萨英。但萨英

年青工人顾定，是太极高手，被恶霸金大盛所欺，一直默默忍受。金大盛又夺去他的爱人阿宝之命，他也忍辱负重。最后，师父和好友胡炳连都惨死他的利刃下，顾定忍无可忍，被逼出手。