G.I.JOE是美国特训特种敢死队的代号，该队组建的目的是维护人类的自由与安全。他们的对手——眼镜蛇部队，是一个妄图统治世界的残忍的KB组织——特种部队，真正的美国英雄。

在公爵（钱宁·塔图姆 饰）的率领下，特种部队给恐怖组织“眼镜蛇”以沉重的打击。虽然眼镜蛇指挥官等中心人物落网，但白幽灵（李秉宪 饰）等组织骨干依然逍遥法外，时刻准备向特种部队和全世界展开反扑。在干净利落解决某中东国家的核危机后，特种部队突然遭 到来自美国政府的惨烈打击，公爵等队员英勇殉职，只有拦路虎（道恩·强森 饰）、杰伊小姐（阿德琳妮·帕里奇 饰）和弗林（D·J·科特罗纳 饰）三人侥幸逃生...

近未来，武器研发集团MARS的创始人詹姆斯•麦库伦发明了微型机器人“纳米虫”，该机器人可以在很短时间内吞噬掉挡路的敌人，威力巨大。武器运送途中，护卫队遭到一伙高科技武装分子的袭击。在弹头即将被抢去之际，另一组神秘人马阻止了武装分子的计划，并解救了护卫队仅剩的两名成员公爵（钱宁•塔图姆 饰）和开伞索。解救公爵的正是霍克将军所统率的特种部队，公爵和开伞索请求加入该部队，以血前耻。

恐怖组织“眼镜蛇”（Cobra）企图征服世界，美国政府为了保卫国家而组成了特种部队－－G.I.Joe。杜克领导特种部队，为了抵御邪恶的眼镜蛇头领及其部下，发誓不论何时何地要为自由而战，赴汤蹈火，除暴安良以伸张正义。战斗不断升级，对决一触即发。

恐怖组织眼镜蛇在控制住了所有国家的元首之后，他们终于开始要向美国总统动手了，他们的目标就是控制全世界。而特种部队这边则因为出现了叛徒而忙乱不已。因为上一次的交手，谁也没有赢，所以特种部队和眼镜蛇两方面都在寻找下一次袭击对方的机会。只是，这次的战斗对于特种部队来说更是难上加难。因为他们不仅仅要对付眼镜蛇这一伙人，还有自己的叛徒。除此之外，全世界被控制住的政要都开始反对特种部队了

绰号眼镜蛇的乾探哥比提经常独行独断，一手持轻机枪，一手持点45，以自己的戒律对付无法无天的贼匪。这次哥比提正在追捕一个凶残的连环杀手，又要保证一个被下令灭口的女证人，令他疲于奔命。

近未来，武器研发集团MARS的创始人詹姆斯发明了名为纳罗脉的微型机器人，该机器人威力巨大。北大西洋公约组织武器研究所对此颇感兴趣，向MARS集团购买了四颗纳罗脉弹头。运送途中，护卫队遭到一伙高科技武装分子的袭击。在弹头即将被抢去之际，另一组神秘人马阻止了武装分子的计划，并解救了护卫队仅剩的两名成员公爵和开伞索。解救公爵的正是霍克将军所统率的特种部队，公爵和开伞索请求加入该部队，以血前耻。