故事设定在奈良葛城地区的一家图书馆中，描写新人职员的成长物语。

公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。

有着用理性的方式思考，讨厌主观判断事物的性格的吉井樱是当地图书馆的新人管理员，每天为客人做着奇妙的参考服务。一天，一位叫芦高礼子的老妇人来到图书馆，展示了一枚旧照片，想去照片中摄影的场所的樱被礼子带去了那里。之后礼子也数次带着不同的照片来，把樱带到葛城的各处名地巡游，在樱的心里礼子的形象渐渐与过世的祖母重合，两人特殊的感情超越了图书馆使用者和管理员的关系。然而有一天，礼子却并没有赴约前来。之后，自称认识礼子的一名男子在樱面前出现。