明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田出面干预。另一方面，宫女素慧容怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚...

明宪宗年间，宦官弄权，滥杀贤臣。侠客赵怀安（李连杰饰）在营救忠良行动中，终将恶贯满盈的东厂提督曹少钦一剑毙命，引来西厂督主雨化田（陈坤饰）祭出天下格杀令。赵怀安等人一路亡命到嘉峪关的龙门，消失於铺天盖地的黑沙暴中。尘销风散后，西厂密探、鞑靼商队等江湖各路人马，再度投宿於龙门客栈这家大漠黑店。三年前曾毁於大火的龙门客栈里，当年的风骚老板娘金镶玉早已神秘失踪，只剩逃过火劫的夥计们重起炉灶，痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌：神秘剑客胡中玉的容貌，为何与雨化田如此相似？对客栈密道了

本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

土木之变，双龙夺位，英宗率旧部夺回皇位。代宗太子在贴身公公保护下逃出皇宫却中了锦衣卫指挥使的暗箭。数年后，代宗太子化名穆川水，变身太监入宫图谋复仇。此时英宗病危，当朝太子与裕王夺嫡之争愈演愈烈。穆川水一路算计百出，除掉裕王与当年的锦衣卫指挥使，助儿时玩伴登上皇位。他也如愿坐上了东厂督主之位，一人之下万人之上，似乎离目标又近了一步。然而他提拔的小太监柳传道，竟然得知其真正身份，不仅另立西厂与他分庭抗礼，且向皇上说出他的前朝皇子真身。一时宫中波诡云谲，这皇城之中究竟谁能稳坐江山？