幼年时，主人公直枝理树因双亲去世而陷入自闭。某日，在时常被痛苦所萦绕的少年面前出现了四个孩子——自称名为“Little Busters”的少年们：枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾，他们宣布由于世界面临巨大的危机，不得不借助理树的力量来对抗强敌。随即，他们来到了近处的蜜蜂巢穴，与蜜蜂们展开了搏斗，最终弄得浑身被蜇伤，又引起了火灾，召唤来了救火车和无数大人……而后孩子们被校长狠狠地训斥了一顿。但也由此，他们带领着理树走到了外面的世界。虽然理树经常被卷入他们所造成的骚动，却也渐渐忘记了自己的寂寞和伤痛。《Li

由于童年的悲惨遭遇，直枝理树的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃，正直开朗稳重可靠的枣恭介，四肢发达头脑简单的井之原真人，成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门