在「Fateu002FZero」中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——。进一步拓展了至今为止充满神秘感的TYPE-MOON世界的基础——「魔术世界」的舞台。那个神秘与幻想、魔术与谜题交错的故事即将开演。

名叫远野志贵的十七岁少年，在八年前的某次意外中身受重伤，之后获得了能“杀死”事物的“直死之魔眼”。由于对这种能力无法适应，年幼的志贵在当天逃离了医院，并意外邂逅了一个名叫苍崎青子的魔法使。在她的帮助下，魔眼的能力被一副眼镜封印了起来。之后的八年间，志贵作为养子在远野的分家·有间家过着平静的生活。八年后，由于父亲的去世，志贵被成为新任家主的妹妹秋叶召回了远野家。某天在上学的路上，志贵仿佛受到呼唤般，难以抑制地用直死之眼杀死了一名女性。但第二天，这个女性却若无其事地站在了他眼前……？！