良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到电王号的时侯，却发现电王号已经被牙王所劫持…… 　　众人被迫留在过去，但最坏的情况发生了。良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃塔罗斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的自己和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪电王号之旅。 　　另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车牙王号，并抓住了追来的良太郎，他坐着牙王号回到了1988年12月26日。　　在1988年，良太郎恢

亚利西亚联邦研发的宇宙铁人——空迪因和陆迪因突然萌发了自主意识，他们袭击了布林克博士，意图实行反人类计划。但布林克博士死前下了一道限制，所以空迪因和陆迪因不得不以人类的形态活动。他们想夺取人造卫星武器“XV2”的力量，因此空迪因化身为“OSTO·Legacy”的白山静，前往天高找上了假面骑士部。她谎称需要借助假面骑士部的力量来阻止宇宙铁人的阴谋，将弦太朗一行人骗去了太空。但亚利西亚联邦特工——因娜布林克，联同她的拍挡黑骑士，一直在阻碍大家，数次交手后，流星和友子发现因娜似乎并不是他们想象中冷血无情的杀手。

本作为平成假面骑士系列第15部纪念作，及纪念原作者石之森章太郎诞生75周年的首部剧场版。魅影余党之一的食人魔作乱，为了令自身力量变得强大而把同类当作饵食，指环之魔法使操真晴人（假面骑士巫骑）因体内寄宿魅影的关系而被对方盯上。再次赴上战场迎战时，本已逝去的历竟然出现在面前并变身成为白色魔法使。

灯光闪烁的大都市内，一股彩虹色的龙卷风突然降临。幕后黑手金色魔法师抓走了阿历，操真晴人为了救阿历，与金色魔法师展开了对决，他们最终都被卷入了龙卷风之中。当操真晴人和阿历苏醒后发现，整个世界都变成了魔法国度。人们通过变身腰带和魔法指环随心所欲地使用魔法，魔法是人们生活中不可或缺的东西。虽然城市里也有幻魔出来作乱，但每一个市民都可以利用腰带变身成假面骑士进行反抗，这让操真晴人和阿历大为震惊。操真晴人和阿历因身份可疑，遭到了大门凛子逮捕。随后，他们两个被送到了城堡，去面见魔法王国的统治者玛雅大王。看似平静的奇特

这是一个靠足球决定胜负成败的世界。人声鼎沸的泽芽市运动场，一场精彩的足球赛事正在进行。葛叶纮汰（佐野岳饰）率领球队对抗驱纹戒斗（小林丰 饰）的巴隆队。双方为了获得“全骑士杯”使出浑身解数，各显神威。令人匪夷所思的是，本应该死去的角居裕也（崎本大海 饰）居然出现在了纮汰 的球队里。而凰莲（吉田贵哉饰）、城乃内秀保（松田凌 饰）、初濑亮二（白又敦 饰）、吴岛贵虎（久保田悠来 饰）、西德（波冈一喜 饰）、凑耀子（佃井皆美 饰）等人都在观众席里注视着这场比赛。他们有着共同的目标，每一个人都想获得“黄金果实”。一向

地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。

在消灭108名恶路程式的三个月后，泊进之介（假面骑士驰骑）与诗岛雾子因接受调查频发异常现象的命令，而来到“不可思议现象研究所”所在的大天空寺院与月村朱里及御成等人进行接触。不过这时天空寺尊（假面骑士灵骑）为夺回被上级眼魔偷取的幽灵眼魂而战斗，但进之介因看不见眼魔而误会对方故意玩闹，后来加上诗岛刚（假面骑士冥骑）与深海诚（假面骑士魂骑），及进之介这时拿到冥骑驱动炎变身参战之下更混成一堆，此时朱里使用“不知火”让眼魔现身才打破这个乱局，四人继而合作将敌人击倒并夺回眼魂。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。