拥有用肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情……在每集动画中的片尾都有“菌剧场”。

以现代的日本（浮世绘町）作为舞台，描绘了人和妖怪的日常的怪异空想，继承百鬼夜行大头领的少年在妖怪百鬼夜行的世界中劝善惩恶的故事 。 故事中的妖怪，大部份是出自鸟山石燕的“画图百鬼夜行”和竹原春泉的“小人儿书一百故事”的妖怪画集。 作者曾表示，创作时最喜欢听台湾的闪灵乐团，作品灵感也受到该乐团影响。

「只要你说你爱我」主要讲述了小时候曾遭受朋友背叛的橘梅，在这16年来从未交过男朋友，甚至连朋友也没有。独来独往的个性导致她成了同学们欺负的对象，而在阴错阳差的情况下，她结识了学校里最受欢迎的男生黑泽大和。对于梅毫无所惧的个性大和相当欣赏，丝毫没有在意他人眼光的他开始主动与梅接触。因为大和随和的个性与古道热肠，梅也开始逐渐卸下了心防并与大和交往的过程中重新认识了这个世界以及周围的人事物。

《萌菌物语》以一座架空的农学院为舞台，讲述了主人公泽木惣右卫门直保的爆笑大学生活。直保拥有可以看见常人看不见的“菌”的特异体质，而且能够听懂“菌语”。这种能力在直保所从事的领域简直可以称为“媲美3亿元电子显微镜的能力”，从而引起了一系列小小的骚动。