高二那年的冬天，由于突发的肝炎入院的裕一。虽然病情很轻，但他常常在半夜跑出医院的行为却让让护士亚希子很生气。某天，裕一从亚希子那里听到了让他和刚转院的女生聊天的请求，她感觉那孩子似乎很棘手。忐忑不安地走进病房的裕一，看到了一位乌黑长发的美少女——里香。两人间一段短暂的故事就此开始……

20世纪，人类和被称作monster（怪物）的生物们之间发生了一场很大的战争。这场激烈得令人无法想象的战争最后以monster一方的胜利告终。随着时间的流逝，人们逐渐忘记了这件事，迎来了新世纪。一日，过着无聊的高中生活的主人公，少年ボッカ面前出现了一名曾与怪物作战的战士——黑船。“你们为什么会忘记了这个旋律！”他说道，故事就从这里开始。

故事发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛——初音岛。主人公朝仓纯一在岛上的风见学园上学，他拥有在睡觉时能看到别人梦境的奇异能力，还能使用由魔法使老奶奶所教授的能变出点心的小魔法。早上起床到风见学园上学，遇到同样身为青梅竹马后辈“狗狗”天枷美春，以及学园偶像白河小鸟，还有在学校吃午餐时，不知为什么总是吃火锅的水越萌和水越真子姐妹……这都只是很平常的生活。这一天，她们也是很平常的度过着。然而，年幼的时候突然搬到美国的芳乃樱出现了。