卧底警察何楠潜伏在云天集团内部，任务是搜寻云天集团董事长朱德福非法集资的罪证。就在何楠获得线索同时，被朱德福发现，并将一起杀人命案嫁祸于何楠，使何楠成为警方通缉的逃犯。朱德福儿子朱子杰的女朋友周丽，替朱子杰顶罪坐了五年牢，就在她出狱以后，发现朱子杰与富家千金宋思琪订婚。周丽心灰意冷。同时，朱德福为了能让儿子和宋思琪的婚事不受干扰，从而达到让宋家给云天集团注资的目的，他派出杀手追杀周丽。何楠和周丽同样遭遇到朱德福集团的追杀，两人就此联手，一同踏上破解朱德福罪证线索的危险旅程。

大唐宪宗，永贞元年。朝中阉宦俱公公权倾朝野，无恶不作。前朝木相国手里的一封奏折，是指证他作奸犯科的铁证。为了拿到这份“铁证”，当年朝中五位侍郎被俱公公一一陷害惨死。木相国的女儿木芙蓉，为了反抗继母秦氏的逼婚和压迫，不惜跳下绣楼，千钧一发之际她被夜行侠所救。夜行侠专门惩治贪官污吏，他的目的似乎是冲着当年五位侍郎惨案而来，他早已成为俱公公通缉的对象。俱公公发现木芙蓉和夜行侠有所关联，便把矛头指向了木芙蓉。木芙蓉身处险境，夜行侠对她出手相救却身受重伤，两人因共患难产生了爱情。俱公公看出两人之间的感情，他为了抓住

张大鹏事业有成，繁忙的应酬使他得到一张肾衰竭的诊断书，并被告知只有匹配的肾源才能救命。然而，血型特别的张大鹏找到了唯一的肾源刘铁锤却意外殒命。张大鹏被刘铁锤养子刘俊晖的救父举动所感动，帮刘铁锤讨回公道，并收留了刘俊晖。刘俊晖发现本身的肾源血型与张大鹏匹配，决定捐出一颗肾。就在此时，张大鹏的手下郑军在与刘俊晖夺取女友的赌局中不慎用仿真枪将本身打去世。刘俊晖也因故意杀人罪入狱。行刑前，刘俊晖母亲到狱中看望儿子，发明张大鹏竟是刘俊晖的生父，张大鹏悔恨莫及。

贺阳市侦察大队，所有警员整装待命，据线人传来消息，12年前落网的毒贩邓辉邓发兄弟潜回贺阳，预备再度发动一起惊天阴谋。被抓的邓辉顽固抵抗、表现异常嚣张，审讯进展艰难。主审人高云飞接到秘密线人电话紧急离开，见面后的线人王楚却一再欲言又止、答非所问。就在同一时刻，原本正接受审讯的邓辉离奇的死在了市公安局办公大楼钱的血泊里。赶回现场的高云飞失望而震怒，他怀疑是刑侦大队大队长王家强为替战友报仇而亲手制造了这一事件。

1947年初，国共双方决战在即。中国西南重镇重庆郊区的深山里，国民党秘密组织灰衣社的特工正在紧紧追杀一名中共特工，这名特工顽强的跳落悬崖，逃出敌人的包围，拼尽全力返回到接头地点，临死之前，他将一个惊人的消息转告给了重庆市地下党组织，“小猫”同志被关入了白山馆。原来，我党早已得到情报，国民党“灰衣社”正紧锣密鼓研制着一种大规模杀伤武器。

该剧是一部20世纪初渭河平原50年变迁的雄奇史诗，这是一轴中国农村斑斓多彩、触目惊心的长幅画卷。特殊的时代背景，浓厚的关中风情，土地革命、抗日战争、解放战争，古老的土地，上演了一幕幕惊心动魄的画面。剧中朱先生对传统道德的坚守，白嘉轩勤劳与自私，鹿子霖望子成龙，白孝文情感波折，白灵投奔革命，黑娃被迫为匪，鹿兆鹏追求理想，鹿兆海舍生无义，演绎了两个家庭不同子孙，曲折的人生轨迹和命运归宿。大革命洪流不息，日寇入侵危机四伏，三年内战社会动荡，白鹿原风云变幻，古老的土地在阵痛中颤栗，但是中华民族的根脉必定在洗礼中承