柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。r柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹的装小猫的篮子，还有环状线的的炸弹陷阱，大家奋力推理，才及时预防了可能发生的意外。可是，最后发现被安装了炸弹的其实是工藤新一和小兰的约会地点－米花町大楼！柯南该怎么办呢？.......

在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭父亲；珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。　　安宁的日子并未持续太久，获得自由的神乐在神无的的指引下，见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前，在神久夜的力量下，大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢，神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控

一位终日被人欺负爱书如命的少年白滨兼一。一天，他偶然和插班生凤林寺美羽结成好友。他一方面震慑于对方的高强武艺，另一方面却被其魅力深深吸引。终而进入其所在的道场——梁山泊学习武艺。实际上梁山泊是武术被体育化之后无法被世人所接纳的超级一流高手的聚集地……兼一地狱般的生活就此开始………