鲸鱼威利回到了属于自己的家园，而杰西亦已经长大，成为了一名海岸科考队队员，可是，他们之间的故事并没有完结。男孩麦克斯的父亲约翰是一名非法捕鲸手，有时候，当他穿梭在惊涛骇浪之中追随着鲸鱼的身影之时，会将麦克斯带在身边，这令麦克斯对鲸鱼的感情十分矛盾。一次捕鲸行动中，麦克斯和父亲闯入了威利的领地，处境十分危急，在生死攸关的紧要关头，杰西出现化解了危机。这场意外令麦克斯逐渐了解了父亲所作所为带来的危害，可是约翰依旧我行我素。又一次，约翰在行动中落入海中生死垂危，威利不计前嫌挺身而出，救下了约翰。

与家人在大海中遨游的虎鲸小威利不幸被捕鲸船捕获，并被卖到海洋世界接受表演训练，在大海中自由惯了的它在小水池中郁郁寡欢，一直不肯接受训练师的摆布。桀骜不驯的小男孩杰西在被母亲遗弃后，便四处乞食行骗，不断捣蛋破坏。某天晚上他与同党佩里在被警察追捕的过程中，无意潜入海洋世界，并在那里胡乱涂鸦一番。被逮后，杰西被送往寄养家庭照顾，由格鲁乌兹夫妇抚养。但海洋世界的管理者可不能让自己白白损失，杰西必须要回到那里清理自己的“杰作”。次日，杰西前去海洋世界清理自己的涂鸦时，见到了威利，后来威利意外地救了杰西一命。当他在海

由《威鲸闯天关》男主角贾森·詹姆斯·里克特再次担纲主演的续集。已长成少年的杰西已接受了养父母的家庭，他跟同母异父弟弟艾维斯和养父一起到西北海岸渡假，意外地跟老朋友威利和他的鲸鱼家族重逢，重温昔日欢乐时光。不料一轮老旧油轮触礁，漏油影响海洋生态，更威胁到鲸鱼的生存。杰西为了救它们脱险而陷身火海，最后由威利将他救出生天。导演德怀特．利特尔运用了大量的模型摄影和电脑动画特技来增加本片危险场面的可看性，可惜做得不太逼真，不过蓝天碧海的映象则漂亮怡人。