彼得·帕克践行班叔叔的格言，“能力越强，伴随的责任越大”，从此成为了行侠仗义的蜘蛛侠。他与蜘蛛小队成员迈尔斯、格温与安雅互相通力合作，在与劲敌的战斗中一次次克服艰难险阻，最终战胜了敌人。彼得在这个过程中更加理解责任与能力，获得惊人的成长，并逐渐提升蜘蛛侠的装甲和力量。

神盾局局长力克福尔给了彼得·派克一个训练的机会，让他成为终极蜘蛛侠，并与其他四个少年超级英雄力王、飞虎、冲击和铁拳联手一起训练。彼得·派克却忽视了他的队友，他和飞虎必须把他们的分歧放在一边，齐心协力处理危机隐藏自己的身份。彼得·派克经历了成长，不仅学会了懂得了团队意识和合作的重要性，也对自己的命运拥有了更好的理解与安排。

影片讲述了新生代蜘蛛侠迈尔斯·莫拉莱斯（沙梅克·摩尔 Shameik Moore 配音）携手蜘蛛格温·斯泰西（海莉·斯坦菲尔德 Hailee Steinfeld 配音），穿越多元宇宙踏上更宏大的冒险征程的故事。面临每个蜘蛛侠都会失去至亲的宿命，迈尔斯誓言打破命运魔咒，找到属于自己的英雄之路。而这个决定和米格尔·奥哈拉（奥斯卡·伊萨克 Oscar Is aac 配音）所领军的蜘蛛联盟产生了极大冲突，一场以一敌百的蜘蛛侠大内战即将拉响！

故事以漫威漫画人物少年迈尔斯·莫来莱斯为主角，讲述了这位少年在与强大邪恶势力斗争中不断成长，并最终成为蜘蛛侠群体中一员的故事，影片中多个时空多元宇宙平行时空的恢弘世界观令观众叹为观止，六位蜘蛛侠同框出镜更是史无前例。

在复仇者联盟众英雄的努力下，于灭霸无限手套事件中化作为灰烬的人们，重新回到了人世间，曾经消失的蜘蛛侠 彼得帕克 也回归到了普通的生活之中，数月后，蜘蛛侠彼得帕克所在的学校举行了欧洲旅游，帕克也在其中， 在欧州威尼斯旅行时，一个巨大无比的水怪袭击了威尼斯，不敌敌人的蜘蛛侠幸得一位自称神秘客的男子搭救才击退敌人，之后 神盾局局长找上正在旅游的彼得帕克并要求其加入神盾局，并安排神秘客协助帕克，神秘客自称来自其他宇宙，并告知一群名为元素众的邪恶势力已经入侵这个宇宙了，为了守护来之不易的和平，蜘蛛侠决定与神秘客联手

正就读中学的少年迈尔斯意外被一只遭受放射性污染的蜘蛛咬伤，随后身体发生奇特的变化。偶然机缘，他目睹了蜘蛛侠和犯罪头目金并的战斗。为了阻止金并利用时空对撞机扰乱宇宙，蜘蛛侠最终壮烈牺牲。可未过多久，来自平行宇宙的颓废的彼德·帕克出现在迈尔斯面前。为了阻止金并的阴谋，并帮助这个帕克返回自己的宇宙，他们闯入金并的老巢。在这一过程中，二人遭到章鱼博士和徘徊者的狙击。与此同时，来自其他宇宙的女蜘蛛侠、暗影蜘蛛侠、蜘猪侠、二次元蜘蛛妹相继出现。他们合力与恶势力展开斗争……

蜘蛛侠在经历了重重考验之后，成为了人人敬仰的正义英雄，抱得美人归。但是，光环下蜘蛛侠，也有自己的心病：他在第一集时放走了小偷导致最亲爱的叔叔被小偷杀死，帕克一直耿耿于怀。

大战绿妖之后，蜘蛛侠帕克忍痛拒绝了他唯一的挚爱玛丽，因为蜘蛛侠的身份会为自己和亲人带来巨大危险，帕克决定独立承担起蜘蛛侠的责任。帕克一直在忙于应付各种挑战：学习超能力的灵活运用；在超级英雄与平凡大学生的双重身份下隐藏自我、小心翼翼地生活等等。

彼得帕克只是美国一个平凡的高中生，当一次他被蜘蛛博物馆偷跑出来的变种蜘蛛咬了一口之后，彼得的生活彻底改变了。他变得和蜘蛛一样，拥有各种蜘蛛特有的超能力：从手指喷出粘力极强的蜘蛛丝、飞檐走壁等等。

彼得帕克（汤姆·赫兰德饰）在内战后受到了钢铁侠托尼斯塔克（小罗伯特·唐尼饰）的赏识，表面上，彼得进入托尼的公司成为了一名实习生，实际上，他和复仇者联盟的成员们一起接受了各种各样的训练。托尼虽然欣赏彼得的勇敢和正直，却并不认为他目前已经拥有加入复联的实力，他派出了特工哈皮（乔恩·费儒饰）暗中观察，这让十分想证明自己的彼得感到万分焦躁。在对付两个银行劫匪的过程中，彼得发现劫匪们使用的是一种前所未见的新型武器…