本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引

本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引

一名叫尼克·摩顿（汤姆·克鲁斯饰）的海豹突击队成员，在执行任务期间，意外地带着自己的小队闯入一个地下古墓，队员经过重重磨难全部丧生，只剩下尼克·摩顿一个人。木乃伊公主安玛奈特（索菲亚·宝特拉饰），遗恨千年后重返人间，誓要在新世界再建属于她的埃及王朝。后来尼克与珍妮·哈尔西（安娜贝拉·沃丽丝饰）及一班军人坐上运送棺木的飞机。飞机突然被一大群鸟袭击失事，千钧一发之际尼克·摩顿为珍妮戴上降落伞，英雄救美最后牺牲了自己 。