清朝末期，清政府由于闭关锁国导致经济衰退。黄飞鸿因民族大义、家国情怀而错过与十三姨的婚事，导致十三姨心灰意冷出走上海。黄飞鸿为了寻回十三姨加上找回丢失的墨龙图也随后前往上海。十三姨来到上海投奔了自己的外国同学皮特，多年来皮特一直对十三姨心存爱意，对十三姨的到来十分的开心。但十三姨心中还是惦记着黄飞鸿。而在寻找墨龙图的过程中，黄飞鸿陷入黑帮纷争，遭人陷害不幸入狱...

黄飞鸿为了接从美国回来的十三姨，带着徒弟梁宽、牙擦苏、猪肉荣前往广州。途中与恶棍十一少发生冲突，结下仇怨。繁华的广州街头，正是朱门酒肉臭，路有冻死骨，大批难民和劳工，生活在艰苦贫穷的低下层。一日，十一少带领一班歹徒追杀革命志士何昌，幸得黄飞鸿挺身相助，杀退恶徒。自此黄飞鸿与十一少的仇恨越结越深。

广州宝芝林馆主黄麒英惩恶济世，受人景仰，唯妻娴、子飞鸿好闯祸，常令英啼笑皆非。一次足球比赛，鸿误伤校长，被勒令退学，得乡绅纳兰天相助，鸿方得复学，英、天惺惺相惜。武举人梁威荣归，风头被英所抢，其子梁宽在校又被鸿欺负，对英一家深表不满。赠灾义演，威、鸿生误会大打出手，竹棚因而倒塌，村民走避不及，酿成巨灾。

一心想去广州闯荡的少年黄飞鸿，无奈被迫去上学后，通过周十三和陆一白的帮助，最终拿到了去广州考试并有可能留洋的资格。去到广州后，却发现了海公公为首的朝廷保守派对此番赴广州的考试的阴谋，他们决意阻挠洋务派的留洋行动，最终黄飞鸿以一人之力与海公公抗衡，挽救大局，得以让留洋行动正常进行。

一代宗师黄飞鸿（谭咏麟 饰）本想安安静静过日子，不料他的“佛山无影脚”名震佛山后，前来拜访的民众络绎不绝，令喜爱清净的飞鸿不堪烦扰。这日，省城的谢老爷（黄秋生 饰）邀请飞鸿前来一起为灾民筹款。本来喜爱清净的飞鸿不想前往，后在猪肉荣（曾志伟 饰）的劝说下隐瞒身份和一众弟子前往，迎来送往等事宜俱由猪肉荣以飞鸿的身份出面负责。飞鸿在广州邂逅了武艺高强的奇女子双番东（郑裕玲 饰），引发了连场爆笑场面。一次偶然飞鸿得悉了谢老板原来接筹款敛财，兴师问罪时发现谢老板居然找来了双番东女扮男装装作黄飞鸿和自己对质！黄飞鸿对

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。

清末民初，洋人高登欲聘一名武功高强的总保镖，公开征求各方武林高手比武。黄飞鸿之表亲麦根力图此职，惟恐黄飞鸿与之争夺，故藉机踢馆滋事，令他在武林中失威。最后总保镖之职竟由土匪头子李天道夺得。

黄飞鸿夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七等找到在北京办报的十四姨求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战

王麒英文武双全，尤以十字拳及无影脚名震江湖，使歹徒闻之胆怯，麒英桃李满门，惜独得一子飞鸿，故麒英对飞鸿爱护有加，徒儿之中，有名术赤浪者，为人精明勤奋。好学不倦，深得同门敬重，然后麒英却深察术性冷情绝，实不宜学习中国武术，恐于学成后祸己害人，送赠金使其引退，然而术却误认英对己心存偏见，一怒而去。 时光飞逝，当飞鸿及冠而尚于赏花门之年。麒英见焦故舞弊。英猝然而去。飞鸿被迫继承父业，承担主持宝芝林业务。因飞鸿年少招致同门大师兄威不满，以资历经验为大前提，迫黄飞鸿退位，否则将以武力解决，飞鸿本志不此，然好胜贪玩与

晚清末年，大清帝国摇摇欲倒。面对外敌来袭，慈禧太后鼓励民间习武抗敌。李鸿章为了逢迎太后，举办起一年一届的“狮王争霸”大赛。“狮王争霸”其实就是各门各派舞起狮子头，以武力争夺锦标。