一日，黄飞鸿与众徒弟前往茶楼饮茶，见到父女两人在外卖艺。黄飞鸿甚为欣赏，遂命徒弟打了赏钱。父女二人上前道谢，认出了大名鼎鼎的黄飞鸿师傅。夜晚，父女二人无意间听到俩僧人在谈论黄飞鸿的只言片语，就一路跟踪到能仁寺。在寺庙内，两人发现朝廷的捕快正和僧人在商议贩卖人口的计策。但不料行踪被发现，结果父亲被打伤，女儿只好逃出去向黄飞鸿求救…

晚清末年，封闭多年的古老中国被西方洋舰大炮轰开了大门，时代发生着具大的变化。正值壮年的拳师黄飞鸿面对这大时代的变迁，感到非常迷惘。他曾苦练了三十多年的拳脚，面对洋枪洋炮，十八般武艺还有施展的空间吗？从医多年的中医医术，面对着西方的新医术。还有生存的余地吗？

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨，后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利（Jeff Wolfe 饰），不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。失去记忆的黄飞鸿被印第安