这是一个懵懂少年如何成长为一代大侠的热血传奇故事。天下第一剑客盖聂，携故人之子荆天明为躲避追杀，踏上了闯荡江湖之旅。在逃亡的过程中，荆天明陆续结识了众多江湖高人，机缘巧合之下他成为了天下第一帮派的掌门人。磨砺中荆天明渐渐成长，危难时刻，他甚至挺身而出，凭借自己弱小的肩膀保护着朋友们的性命。而这一切事件的背后似乎都有着一只看不见的手在操控，江湖神秘势力阴阳家的存在渐渐浮出水面。处于阴谋核心的荆天明，由此层层剥开了自己身世以及所有阴谋背后的惊天秘密。

六王毕，四海一。然天下虽定，乱世未绝。天下第一剑客，始皇帝的近卫盖聂，携故人之子荆天明，为躲避秦始皇的追杀，踏上了荆棘密布的旅程。逃亡路上，天明结识了楚国少年少羽，信奉兼爱非攻的墨家众高手，还有身世成谜的少女高月等人。年少的天明对自己的身世和未来将要经历的一切一无所知，但一个关乎诸子百家，甚至是天下命运的画卷已经展开。

特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》由玄机科技为畅游网页游戏《秦时明月WEB》倾力打造，是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事，讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。

天下第一剑客盖聂，带着已故挚友的儿子荆天明，一路躲避秦王的追杀。在以一人之力击退了秦王派出的三百骑兵之后，荆天明在盖聂的身上看到了真正的侠肝义胆。秦王大怒，命宰相李斯一定要将两人除掉，于是，李斯找到了盖聂同门师兄卫庄，想借他之手，完成自己的使命。 卫庄派出了手下四大天王一路袭击盖聂，而盖聂和荆天明则获得了少羽、高月和墨家众人的鼎力相助，屡屡死里逃生。最终，卫庄将盖聂一行人逼至绝境……

医家拒绝加入墨家，但医家素来仁心。五年间端木蓉仍不断救助墨家受伤的弟子，此时墨家巨子燕丹送来了一对身受重伤的男女，他们究竟是谁？一生醉心于治病救人的念端师傅为何屡次拒绝侠义的墨家？她又为什么告诫爱徒端木蓉不要爱上一个以剑为生的男人？乱世间有几人能独善其身，而医者肩负着救治众人于危亡间的重责。端木蓉最终还是违背了师命加入了墨家，故事即将由此开始。